Miljøverndepartementet har gitt Direktoratet for naturforvaltning ansvaret for å gjennomføre naturindeksprogrammet. Tre rådgivende grupper ble oppnevnt for prosjektet i perioden 2009-2010.
Arbeidet har vært ledet av Signe Nybø i Direktoratet for naturforvaltning. Fra høsten 2010 har Knut Simensen tatt over ledelsen av prosjektet.
Kristin Thorsrud Teien er Miljøverndepartementets kontaktperson for Naturindeks.
Rådgivende faggruppe har gitt faglige råd knyttet til etablering av indeksen, valg av indikatorer som inngår i naturindeksen og vektingsmodell. Videre har faggruppen bidratt til kvalitetssikringen av resultatene.
Gruppen har bestått av forskere med lang erfaring innen biologi, og med god kjennskap til kartlegging og overvåking av biologisk mangfold i Norge. De største forskningsinstituttene, som utfører overvåking av biologisk mangfold på oppdrag fra myndighetene, har hatt medlemmer i faggruppen. Medlemmene fra forskningsinstituttene har fungert som koordinatorer for naturindeksprosjektet i eget institutt.
Rådgivende faggruppe har bestått av følgende: Olav Skarpaas (NINA, instituttkoordinator terrestrisk), Ann Kristin Schartau (NINA, instituttkoordinator ferskvann), Eivind Oug (NIVA, instituttkoordinator marint), Markus Lindholm (NIVA, instituttkoordinator ferskvann), Jan Erik Ørnelund Nilsen (Skog og landskap, instituttkoordinator skog), Ann Norderhaug (Bioforsk, instituttkoordinator åpent lavland), Gro van der Meeren (Havforskningsinstituttet instituttkoordinator). John Atle Kålås (Artsdatabanken), Iulie Aslaksen (SSB), Per Arild Garnåsjordet (SSB).
I tillegg har Frode Ødegaard (NINA, god kjennskap til Naturtyper i Norge og Rødlista), Erik Framstad (NINA, god kjennskap til internasjonalt indikatorarbeid) deltatt i faggruppen.
Naturindeksprogrammet har etablert et formelt samarbeid med Statistisk sentralbyrå i sitt forskningsprosjekt ”Sustainable development indicators (SDI) in the context of the precautionary principle”, som ledes av Iulie Aslaksen og Per Arild Garnåsjordet.
Rådgivende statistikkgruppe har hatt som oppgave å gi råd knyttet til den statistiske analysen av dataene. Per Arild Garnåsjordet (SSB), Iulie Aslaksen (SSB), Svein Homstvedt (SSB), Steinar Engen (NTNU), Nigel Yoccos (UiT) og Bent Natvik (UiO) har deltatt i gruppen.
Statistikkgruppen har vært ledet av Olav Skarpaas, NINA. Gregoire Certain, NINA, har gjennomført de statistiske analysene.
Forvaltningsgruppen har i regi av Direktoratet for naturforvaltning hatt som mål å koordinere naturindeksprogrammet med andre store programmer for kunnskapsoppbygging.
Denne gruppen har bestått av Else Løbersli (forskning, klima), Bård Øyvind Solberg (oppfølgingsprogram for verneområder), Knut Simensen (Nasjonalt program for kartlegging og overvåking av biologisk mangfold), Steinar Sandøy (vanndirektivet) og Ingrid Bysveen (marint miljø).
