Kalksjøer har status som utvalgt naturtype etter naturmangfoldloven. Kalksjøene er en sjelden naturtype i Norge, og de er levested for relativt mange truede og sårbare arter. Det er derfor utarbeidet en handlingsplan som tar sikte på å sikre miljøforholdene i norske kalksjøer, slik at artsmangfoldet kan ivaretas så nært opp til det naturlige som mulig.
Handlingsplanen omfatter alle innsjøer med kalsiuminnhold større eller lik 20 mg/l. Etter forskrift om utvalgte naturtyper er innsjøer med kalsiuminnhold større eller lik 20 mg/l og med forekomst av minst en av de følgende artene; rødkrans (Chara tomentosa), smaltaggkrans (C. rudis), hårpiggkrans (C. polyacantha), stinkkrans (C. vulgaris), knippebustkrans(C. curta), gråkrans(C. contraria), blanktjønnaks (Potamogeton lucens), sliretjønnaks(Stuckenia vaginata), vasskrans(Zannichellia palustris) eller andre truede kalkkrevende plante- eller dyrearter utvalgt naturtype etter naturmangfoldlovens § 52.
Flere av de truede og sårbare artene som lever i kalksjøer er svært kalkkrevende og har sin utbredelse sterkt begrenset til slike sjøer. Spesielt er de fleste Chara-artene sterkt kalkkrevende. Mange kransalger som finnes i kalksjøer regnes som indikatorer på næringsfattige vannmasser, og de er sensitive i forhold til eutrofiering. De fleste kalksjøene ligger i områder som er gunstig for jordbruksaktivitet, og overgjødsling er derfor en hovedtrussel mot mange kalksjøer og artene i disse. Også fremmede arter, tilgroing med annen vegetasjon, arealendringer og klimaendringer vil kunne påvirke kalksjøene negativt.
Det tas sikte på å nå følgende kortsiktige mål i løpet av handlingsplanperioden:
De langsiktige målene er at kunnskapen som fremskaffes gjennom handlingsplanen benyttes i tiltaks- og forvaltningsplanlegging etter vanndirektivet og i øvrig forvaltning som berører miljøforholdene i vassdragene, slik at det blir gjort nødvendige miljøforbedringer i kalksjøene som sikrer truede arters eksistens.
Mer informasjon om kalksjøer og oppfølging av handlingsplan for kalksjøer finnes på Fylkesmannens side om kalksjøer.