Myr, vann og skogløs vidde

Fra bredden av Anárjohka stiger landet langsomt mot et høgdedrag med treløs vidde fra Spierkojeaggi i nord til Riehttecearru i sørvest.

Den vestlige delen av nasjonalparken ligger høgere enn den østlige og derfor er landskapet her mer preget av høgfjell med stein, lyng og myr. Bare rundt bekker og vann vokser en lav bjørkeskog. I Øvre Anárjohka er det myrområder som ofte kan være flere kilometer lange, og vanskelige for folk å krysse. Nasjonalparken har over 700 store og små vann, og mange store elver starter sitt løp her inne på vidda. Det største vannet er Gavdnjajávri ved Anárjohkas øvre kilder.

Øvre Anárjohka har et typisk kontinentalt klima med tørre somrer og svært kalde vintrer. Geologisk preges nasjonalparken av to ulike formasjoner. I vest finnes et surt og næringsfattig felt som gir dårlig jordsmonn for planter. Lengre øst dominerer den såkalte Karasjok-formasjonen med basiske bergarter som danner grunnlag for en mer artsrik vegetasjon.