Området har spredte lokaliteter som er verdifulle og interessante for bevaring av biologisk mangfold.
Området er imidlertid sterkt dominert av artsfattige typer uten potensial for sjelden og kravfull vegetasjon. Sju naturtyper er registrert, hvorav de fleste er naturtypelokaliteter i skog. Det er kartlagt 15 rødlistearter i området. Dette omfatter ti fuglearter, en pattedyrart, en lavart og tre sopparter. Sjunkhatten har en viktig verdi for våtmarksfugl, spesielt områdene ved Sætervatnet og Vassvikheian-Færøyvatnet. Nasjonalparken er også et viktig område for rovfugl.
